B. Les malformations congénitales

Les anomalies structurelles ou fonctionnelles sont présentes chez 1 % des chiots nouveau-nés et sont responsables de 14 % de la mortalité néonatale ; leur nature génétique n'a pas toujours été mise en évidence. Dans la plupart des races canines, el-les peuvent affecter une seule fonction ou affecter différents organes.
Un grand nombre de ces anomalies sont immédiatement visibles et compatibles avec la survie au moins temporaire de l'animal, d'autres, au contraire, attendent des mois ou des années pour s'exprimer. Parmi les malformations qui peuvent entraîner la mort pendant la période néonatale, nous distinguerons :

•  la fissure palatine, accompagnée ou non d'un bec de lièvre, est l'anomalie la plus fréquente chez le chien ;
• l'hydrocéphalie est fréquente chez le Chihuahua, le Cocker, et le Bulldog ;
• les malformations du squelettes ; les malformations cardiaques ; la polykystose rénale, l'absence d'un ou des deux reins ;
• le mégaoesophage et la sténose pylorique ; l'imperforation de l'anus …

Dès que ces lésions sont diagnostiquées, l'euthanasie s'impose, à l'exception de la sténose pylorique ou de la fissure palatine, pour lesquelles une correction chirurgicale est envisageable.